В городе господствовали по очереди: в V в. до н. э. — персы, некоторое время в V в. до н. э. город освободился от персов и входил в Афинский морской союз. Затем, в IV в. до н. э. — глава области Кария Мавсол и правитель соседнего города Лимира Периклес. В 333 г. до н. э. город встретил Александра Македонского, вручив ему золотой венец. Возможно, что в Фаселисе хранится золотой саркофаг Александра Македонского с его прахом. Саркофаг перевезли из Александрии на закате Римской империи, когда процветало христианство, и приверженцы новой религии уничтожали все языческое. Рассказывается, что тогда город славился лиловым маслом и розами. После Александра Великого город переходил из рук в руки — был под властью Птоломеев, родосцев, а в 167 году до н. э. стал членом Ликийской лиги и чеканил монеты по образцу монет этого союза. Фаселис, вместе с городом Олимпос, временами подвергался грабежам пиратов, а в 42 году до н. э. перешёл под владычество Рима. С этого времени начинается переустройство города, растет его благосостояние. Расцвет города продолжался около 300 лет. В 129 году город посетил император Адриан. Монументальная арка со сводом при входе на главную улицу, начинающуюся от южной гавани, была построена в его честь. Историки рассказывают о том, что город время от времени страдал от эпидемий лихорадки, которую, вероятно, заносили туда родосские моряки, а иногда переживал трудные дни из-за нападения диких ос. В V—VI вв., во времена господства Византии, Фаселис был одним из городов, принявшим условия Халкедонского собора (451 год). После нашествий арабов в VII в. в истории города начинается новый период процветания (VIII век). Руины городских стен и сооружений относятся к этому периоду.

В 1158 году последовала осада города сельджуками. Затем землетрясения, а также рост торговой активности в портах Антальи и Аланьи привели к тому, что Фаселис к XIII веку потерял своё значение и был практически покинут жителями. По легендам земля для основания города была куплена за мешок рыбы.
Фаселис сегодня

Большинство сохранившихся руин относятся к римскому и византийскому периодам и расположены на главной улице, соединяющей северную и южную гавани. В районе театра и агоры находится небольшая площадь, на юго-восточной стороне которой лестница ведет к театру и акрополю. Построенный в IV веке до н. э. на склоне акрополя театр Фаселиса сравнительно небольшой (его 20 рядов рассчитаны на 3 тысячи человек) и представляет собой типичный образец амфитеатра эллинистического периода. Дошедшие до наших дней руины свидетельствуют о том, что сцена театра была построена римлянами. В позднеримский период амфитеатр служил ареной, а в поздневизантийский период его сцена использовалась как часть городской стены.

Справа от входа в город находятся самые древние стены городской крепости (III век до н. э.), а также руины, вероятнее всего, храма или монументального склепа. На склонах за северной гаванью раскинулось городское кладбище. Самые впечатляющие руины Фаселиса — возвышающийся над автостоянкой акведук. Рядом заметны ёмкости для воды. Город снабжался водой из источника на северном холме. В городе находились три агоры: одна напротив театра, остальные две на правой стороне главной улицы, ведущей к южной гавани. Внутри агоры, что напротив театра, видны развалины небольшой базилики византийского периода. Впечатляют и городские бани в районе городской площади. Особенно интересны малые бани, система отопления которых была типична для римских купален. В двух некрополях города находятся гробницы с крышками с изображениями фигур Эроса и львов.

В соответствии со свидетельствами историков, главной богиней-покровительницей города была богиня мудрости и войны Афина. На восточном склоне акрополя видны развалины двух храмов — храма Афины Паллады и храма бога торговли Гермеса. В храме Афины хранилось копьё легендарного Ахиллеса.Другие значительные сооружения города всё ещё скрыты под землей, и ждут своего исследователя. Обнаруженные в ходе раскопок артефакты хранятся в музее Антальи.

Жители Фаселиса были известны как расторопные торговцы. Женщины носили особую прическу: говорят, она была похожа на прическу египетской богини Изиды. Из знаменитых горожан можно назвать философа Теодекта. Другой известный горожанин — богач Опрамаос из Родиаполиса, который потратил значительную часть своих средств на перестройку города после очередного землетрясения.

Из религиозных деятелей города можно назвать Фронто, который принимал участие в Халкедонском соборе, и Аристомедоса, который в 458 году вместе с другими религиозными деятелями Ликии того периода подписал известное письмо императору Льву I.